La Huatapera además de por su carácter histórico y por ser la joya arquitectónica más valiosa que posee Uruapan, debe se conocida con más interés ya que actualmente alberga un Museo de Arte y de Tradición indígena muy importante en el Estado dividido en cuatro salas y la capilla:

En su sala principal, dedicada a "Los cuatro pueblos", el visitante podrá admirar manifestaciones de la riqueza cultural de estos pueblos a través de su obra material más representativa, entre las que destacan piezas relacionadas con su vida cotidiana, religiosa, lúdica y artística.

En la sala permanente "El maque de Michoacán", se aprecia el valor cultural de una línea histórica de la producción artística del pueblo p´urhépecha, así como las diferencias estéticas y tecnológicas que caracterizan a los centros productores del maque michoacano: Uruapan, Quiroga y Pátzcuaro, cada uno con su sello particular, tanto por el tipo de productos elaborados, como por los diseños y acabados.

A través de sus dos salas temporales, la Huatapera muestra a sus visitantes, diversas exposiciones con temáticas vinculadas a la vida, costumbres y cosmovisión de los indígenas de México.

En la Capilla se puede disfrutar de un maravillosos mural que data del siglo XVI; y cada mes, de una pieza artesanal sobresaliente elaborada por manos indígenas.

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Además de las actividades museísticas antes señaladas, La Huatápera es la sede del CRID (CENTRO REGIONAL DE INFORMACIÓN Y DOCUMENTACIÓN, "GILDARDO GONZÁLEZ RAMOS") que tiene como objetivo la concentración y difusión de materiales concernientes a los 62 pueblos indígenas que configuran el mosaico cultural del país, haciendo un especial énfasis en los pueblos de la entidad.

El Centro cuenta con un espacio acondicionado como sala de lectura en el que los estudiantes, investigadores y el público en general, pueden consultar cómodamente libros, revistas, videos, fonogramas, mapas y otros documentos. Asimismo el recinto dispone de información actualizada en medios magnéticos y la infraestructura para realizar impresiones de los mismos.

Los acervos del CRID se dividen en:

Biblioteca - Integrada por una selección de libros revistas, folletos, catálogos y de otros documentos impresos.

Fonoteca - Contiene cintas magnéticas y discos compactos de música indígena de la diferentes regiones del país. Dispone del equipo necesario para su consulta en sala.

Videoteca - Concentra material videográfico sobre diversos aspectos culturales de los pueblos indígenas.

Sala de usos múltiples - Espacio destinado a la celebración de exposiciones, conferencias, presentaciones y proyecciones de video.